A sepsiszentgyörgyi Mikes Kelemen Főgimnázium háromszéki oktatás egyik hosszú múltra visszatekintő tanintézményei közé tartozik. A sokak által csak ,,vándorló iskola" néven emlegetett Mikes, az a sepsiszentgyörgyi középiskola, amelynek történelmére a leginkább kihatottak az erdélyi magyarság történelmében bekövetkezett változások.
1859-ben a református algimnázium (a későbbi Székely Mikó Kollégium) megalapításával Sepsiszentgyörgyön csak a fiúk középiskolai oktatásának kérdése oldódott meg, a lányok oktatása továbbra is csak az elemi iskolai szintre korlátozódott. Málik József, az iskola későbbi igazgatója így összegezte sepsiszentgyörgyi lányoktatás helyzetét: „ebben a mellőzésben nem a női nem lenézése nyilvánult meg, mint inkább azon ósdi előítélet, hogy a leendő székely anyák ismeretkörének nem kell túlterjednie a házi teendőkön." E konzervatív felfogáson próbált rést ütni az a döntés melynek értelmében, 1874-ben az elemi lányiskola fölé egy kétéves időtartamú felső-leánytanoda megalapításról született határozat.A jóváhagyás megszerzése után az iskolaszék Málik Józsefet választotta meg az új tanintézmény igazgatójának.
A városi hatóságok a piacteret lezáró árucsarnoknak, a Bazárnak az emeleti részét bocsátották lánytanoda rendelkezésére, s így 1874. október 17-én sor kerülhetett az első tanévnyitó ünnepségre is. Tanintézményünk első évfolyamára 29 tanuló iratkozott be, akik a következő tantárgyak elsajátítását kezdték meg: magyar nyelv, német nyelv, történelem, földrajz, számtan, természettan, természetrajz, hit- és erkölcstan, konyhakertészet, női kézimunka, rajz, ének és szépírás.
1877-ben a tanulólétszám emelése ill. a kor igényeinek való megfelelés érdekében az iskola vezetői és a helyi hatóságok úgy döntöttek, hogy felső-leánytanodát négyosztályos polgári leányiskolává alakítják, majd a XIX. század utolsó éveiben a tanintézmény állami kezelésben került és az I. világháború végéig Magyar Királyi Állami Polgári Leányiskola néven működött.
Az impériumváltást követő időszakban a felszámolással fenyegetett leányiskolát felekezeti tanintézménnyé szervezték át és a Csutak Vilmos által igazgatott Református Székely Mikó Kollégium falai között folytatta további működését. 1924-ben Csutak Vilmos felvetette egy önálló leánygimnázium létesítésének gondolatát, amelyet a leányiskola első igazgatónője, Bibó Erzsébet is támogatott. Az iskola vezetősége gyűjtést szervezett az építkezéshez szükséges töke megszerzésére, ami igencsak sikeresnek bizonyult, hiszen 1927-ben már átadták a Kós Károly tervei alapján elkészült leányiskola épületét, majd 1935-ben az internátus építése is befejeződött.
A kommunista rendszer hatalomra kerülése után az 1948-as tanügyi törvény megszüntette a felekezeti oktatást, így tanintézményünk, mint állami elméleti líceum működött tovább, többször is nevet változtatva (1976-tól Filológia – Történelem Líceum, majd 1983-tól a 2. számú Ipari Líceum).
Az 1989-es fordulat iskolánk történetében is változásokhoz vezetett. 1990. január 18-án, Kelemen József történelem szakos tanár javaslatára tanintézményünk felvette a Mikes Kelemen Elméleti Líceum nevet, majd 1990-1991-es tanévtől kezdödően ismét magyar tannyelvű középiskolává vált és visszaköltözött abban az épületegyütesben, amelyben már 1948-1961 között is müködött.
1859-ben a református algimnázium (a későbbi Székely Mikó Kollégium) megalapításával Sepsiszentgyörgyön csak a fiúk középiskolai oktatásának kérdése oldódott meg, a lányok oktatása továbbra is csak az elemi iskolai szintre korlátozódott. Málik József, az iskola későbbi igazgatója így összegezte sepsiszentgyörgyi lányoktatás helyzetét: „ebben a mellőzésben nem a női nem lenézése nyilvánult meg, mint inkább azon ósdi előítélet, hogy a leendő székely anyák ismeretkörének nem kell túlterjednie a házi teendőkön." E konzervatív felfogáson próbált rést ütni az a döntés melynek értelmében, 1874-ben az elemi lányiskola fölé egy kétéves időtartamú felső-leánytanoda megalapításról született határozat.A jóváhagyás megszerzése után az iskolaszék Málik Józsefet választotta meg az új tanintézmény igazgatójának.